Сучасна класифікація

   Хоча єдина група найпростіших більше не визнається, класифікація організмів, що колись містилися у ній, все ще змінюється. Новіші критерії класифікації вимагають визначити монофілетичні групи, засновані на генетиці та еволюційному походженні. Зазвичай парафілетичні групи, якою була й група найпростіших, розщеплюють на кілька, розглядаючи її представників як окремі групи материнської, в даному випадку еукаріотів. Багато з авторів сучасних класифікацій більше не турбуються про формальні таксономічні ранги. Частковий список підгруп найпростіших, що можуть розглядатися в якості типів, наведений вище у таблиці праворуч, багато з них вважаються монофілетичними, але це вірно не для всіх. Наприклад, Excavata ймовірно не є монофілетичною групою та буде такою лише за умови виключення гаптофітів та криптомонад. Для обговорення сучасного погляду про взаємини цих організмів, див. статтю Еукаріоти та посилання нижче.